现代基因工程可将不同基因「跨物种」转移，相比传统杂交方式，更能精确改变农作物的基因构造，赋与其不同特性从而有助大规模种植，但有机种植专家指出，基因工程超出自然演化范畴，农作物加入外来基因后，恐会对人体及环境造成意外的负面影响。
「将 自然学上冇可能混种到嘅生物基因结合一齐，后果系好系坏冇人知。」香港中文大学生命科学院名誉高级研究员赵绍惠指出，透过生物质体融合法或细菌转录法，将 特定基因放入农作物原有的基因列中，可赋与其防虫蛀、抵受除草剂等不同特性，从而有助大规模种植及提升营养价值，但此等做法已超出自然演化范畴，随时会意 外产生致敏性和毒性，或会危害食用者安全。
农 作物受基因工程改良后，亦可能对环境造成负面影响。香港有机资源中心总监黄焕忠表示，本港曾有农户引入产量较高的基因改造木瓜品种栽种，却意外与本地原生 木瓜品种杂交，间接「污染」本地木瓜，「基因改造生物一旦入左生态圈繁殖，会令外来基因流入大自然嘅基因库，破坏基因纯淨性，甚至令原生生物血统逐渐消 失，损害生物多样性。」